MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Choleraesuis str. SC-B67 plasmid pSCV50

Total Repeats: 263

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006855	TTC	2	6	76	81	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_006855	CTGC	2	8	135	142	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
3	NC_006855	TGA	2	6	195	200	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_006855	CAGC	2	8	235	242	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
5	NC_006855	GTAAA	2	10	354	363	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_006855	GGC	2	6	394	399	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_006855	GCA	2	6	441	446	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_006855	TTG	2	6	490	495	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_006855	TTC	2	6	520	525	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_006855	TGC	2	6	535	540	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_006855	CTA	2	6	632	637	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_006855	TTCG	2	8	704	711	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
13	NC_006855	TAA	2	6	761	766	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_006855	T	6	6	855	860	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_006855	TCAAC	2	10	870	879	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
16	NC_006855	ATT	2	6	905	910	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_006855	GTT	2	6	950	955	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_006855	CAT	2	6	967	972	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_006855	T	6	6	1123	1128	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_006855	ATT	2	6	1133	1138	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_006855	A	10	10	1142	1151	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_006855	CAGATT	2	12	2101	2112	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_006855	TCC	2	6	2127	2132	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
24	NC_006855	TGG	2	6	2210	2215	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_006855	GAA	2	6	2263	2268	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_006855	GAAT	2	8	2299	2306	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_006855	GTT	2	6	2336	2341	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_006855	GTT	2	6	2373	2378	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_006855	TGT	2	6	2395	2400	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_006855	CAG	2	6	2435	2440	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_006855	ATAA	2	8	2452	2459	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_006855	AAT	2	6	2495	2500	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_006855	TCA	2	6	2554	2559	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_006855	AGT	2	6	3350	3355	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_006855	AGC	2	6	3357	3362	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_006855	CGG	2	6	3421	3426	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_006855	AGT	2	6	5388	5393	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_006855	CTT	2	6	5417	5422	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_006855	T	6	6	5455	5460	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_006855	A	6	6	5469	5474	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_006855	A	8	8	5506	5513	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_006855	TAA	2	6	5529	5534	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_006855	AT	3	6	5542	5547	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_006855	TTA	2	6	6362	6367	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_006855	C	6	6	6399	6404	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
46	NC_006855	T	6	6	6496	6501	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_006855	ATATT	2	10	6507	6516	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_006855	T	6	6	7212	7217	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_006855	AG	3	6	7248	7253	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
50	NC_006855	GCGG	2	8	7288	7295	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
51	NC_006855	AT	3	6	7795	7800	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_006855	CCT	2	6	8247	8252	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
53	NC_006855	AGG	2	6	9303	9308	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_006855	GT	3	6	9345	9350	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_006855	GTC	2	6	9403	9408	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_006855	GCT	2	6	9411	9416	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_006855	GCG	2	6	9425	9430	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_006855	CAT	2	6	9444	9449	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_006855	CAGG	2	8	9470	9477	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
60	NC_006855	CAG	2	6	9495	9500	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_006855	GGCT	2	8	10517	10524	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
62	NC_006855	T	6	6	10524	10529	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_006855	CGC	2	6	10596	10601	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
64	NC_006855	CT	3	6	11990	11995	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
65	NC_006855	T	6	6	13367	13372	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_006855	CGC	2	6	13475	13480	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
67	NC_006855	ATA	2	6	13593	13598	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_006855	T	6	6	13679	13684	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_006855	GC	3	6	13751	13756	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
70	NC_006855	ACA	2	6	13781	13786	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_006855	CAG	2	6	13798	13803	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_006855	AGA	2	6	13859	13864	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_006855	A	7	7	13974	13980	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_006855	CGT	2	6	14017	14022	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_006855	AT	3	6	14574	14579	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_006855	CAT	2	6	14606	14611	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_006855	AT	3	6	14610	14615	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_006855	CTG	2	6	14671	14676	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_006855	ACTG	2	8	14721	14728	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
80	NC_006855	CTGT	2	8	14739	14746	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
81	NC_006855	GC	3	6	14777	14782	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
82	NC_006855	AAAT	2	8	14832	14839	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_006855	GTT	2	6	14947	14952	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_006855	AGG	2	6	14989	14994	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_006855	CTG	2	6	15008	15013	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_006855	ATG	2	6	15021	15026	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_006855	GATG	2	8	15036	15043	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
88	NC_006855	TGC	2	6	15146	15151	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_006855	CAG	2	6	15187	15192	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_006855	GAA	2	6	15201	15206	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_006855	CTG	2	6	15231	15236	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_006855	TAA	2	6	15301	15306	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_006855	A	7	7	15357	15363	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_006855	ATT	2	6	15408	15413	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_006855	CAG	2	6	15442	15447	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_006855	TAA	2	6	15478	15483	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_006855	AGA	2	6	15514	15519	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_006855	GGA	2	6	15557	15562	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_006855	TAT	2	6	15620	15625	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_006855	CTT	2	6	15686	15691	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_006855	GTT	2	6	15717	15722	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_006855	GCT	2	6	15756	15761	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_006855	ACT	2	6	16839	16844	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_006855	TTA	2	6	16851	16856	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_006855	TA	3	6	16902	16907	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_006855	TGA	2	6	16913	16918	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_006855	AGC	2	6	16920	16925	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_006855	CGT	2	6	17001	17006	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_006855	CAC	2	6	17063	17068	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
110	NC_006855	TA	3	6	17073	17078	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_006855	GTGA	2	8	17086	17093	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
112	NC_006855	A	7	7	17719	17725	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_006855	T	7	7	17940	17946	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_006855	ATA	2	6	18025	18030	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_006855	TAT	2	6	18058	18063	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_006855	T	6	6	18065	18070	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_006855	GAT	2	6	18085	18090	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_006855	TATT	2	8	18112	18119	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_006855	T	6	6	18118	18123	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_006855	T	6	6	18125	18130	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_006855	AT	3	6	18132	18137	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_006855	TTGCA	2	10	18160	18169	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_006855	T	6	6	18180	18185	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_006855	T	7	7	18242	18248	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_006855	T	6	6	18251	18256	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_006855	GGT	2	6	18257	18262	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_006855	TTGT	2	8	18269	18276	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
128	NC_006855	TTTG	2	8	18277	18284	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
129	NC_006855	AAAC	2	8	18320	18327	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
130	NC_006855	TA	3	6	18333	18338	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_006855	GTTT	2	8	18353	18360	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
132	NC_006855	TGT	2	6	18718	18723	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
133	NC_006855	TTA	2	6	18822	18827	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_006855	CGTCA	2	10	18861	18870	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
135	NC_006855	GGGA	2	8	18897	18904	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
136	NC_006855	AGCC	2	8	18909	18916	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
137	NC_006855	AATGTG	2	12	18926	18937	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
138	NC_006855	A	6	6	18959	18964	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_006855	TA	3	6	18980	18985	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_006855	TTTA	2	8	19532	19539	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_006855	CGG	2	6	19554	19559	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_006855	GTT	2	6	19585	19590	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
143	NC_006855	TTA	2	6	19654	19659	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_006855	TCC	2	6	19695	19700	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
145	NC_006855	GTT	2	6	19726	19731	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
146	NC_006855	AGAA	2	8	22850	22857	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
147	NC_006855	TGCG	2	8	22886	22893	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
148	NC_006855	GCC	2	6	22903	22908	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
149	NC_006855	GCT	3	9	22911	22919	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_006855	TGG	2	6	22925	22930	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
151	NC_006855	GCG	3	9	22936	22944	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_006855	GTG	2	6	22952	22957	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
153	NC_006855	TGT	2	6	23012	23017	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
154	NC_006855	TGT	2	6	23066	23071	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
155	NC_006855	GGGC	2	8	23105	23112	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
156	NC_006855	TGA	2	6	23144	23149	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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159	NC_006855	AAG	2	6	23191	23196	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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162	NC_006855	GAA	2	6	23390	23395	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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164	NC_006855	TCC	2	6	23446	23451	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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178	NC_006855	TCT	3	9	24833	24841	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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181	NC_006855	TGG	2	6	25589	25594	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
182	NC_006855	CTG	2	6	25681	25686	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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184	NC_006855	TGC	2	6	26400	26405	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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192	NC_006855	AAG	2	6	32776	32781	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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196	NC_006855	ATTT	2	8	32908	32915	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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257	NC_006855	GAT	2	6	49316	49321	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
258	NC_006855	CCA	2	6	49333	49338	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
259	NC_006855	CGCC	2	8	49352	49359	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
260	NC_006855	TGTA	2	8	49360	49367	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
261	NC_006855	ATAA	2	8	49392	49399	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
262	NC_006855	TGC	3	9	49411	49419	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
263	NC_006855	CCCGT	2	10	49435	49444	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.